All'interno del percorso della Pinacoteca, nelle vetrine delle sale 1, 2 e 3, sono esposti alcuni dei volumi della copia facsimile del Codice Atlantico di Leonardo da Vinci. Si tratta della più spettacolare raccolta di carte di Leonardo. Circa 1750 tra fogli e frammenti che Pompeo Leoni selezionò basandosi sulla suddivisione dei disegni a tema tecnico/scientifico, raggruppati in questo codice, da quelli a tema anatomico raggruppati nel codice Windsor.
In seguito al restauro si presenta oggi rilegato in 12 volumi.
Fu donato, insieme ad altri codici di dimensioni più piccole, all’Ambrosiana nel 1637 dal Conte Galeazzo Arconati che li aveva a sua volta acquistato degli eredi di Pompeo Leoni.