La Pinacoteca, costituita da Federico Borromeo nel 1618, contiene capolavori come la Canestra di frutta di Caravaggio, l'Adorazione dei Magi di Tiziano, la Madonna del padiglione di Botticelli, gli Elementi cosmici di Brueghel, il prezioso e immenso cartone della Scuola d'Atene di Raffaello.
Il "vessillo" dell'intera raccolta è probabilmente il Musico, l'unico dipinto su tavola di Leonardo esistente a Milano.
E' possibile organizzare visite guidate della Pinacoteca.
